Trâu rừng Philippines được đề cập trong các tài liệu lần đầu vào năm 1888 tại đảo Mindoro. Trước năm 1900, hầu hết người dân tránh định cư trên đảo Mindoro do chủng vi rút sốt rét chết người.[9] Tuy nhiên, khi thuốc chống sốt rét phát triển, có nhiều người đã định cư trên đảo. Con người gia tăng hoạt động đã khiến quần thể trâu rừng Philippines suy giảm đáng kể. Đến năm 1966, phạm vi trâu rừng Philippines giảm xuống chỉ còn tại 3 khu vực: núi Iglit, núi Calavite và khu vực gần lãnh thổ trực thuộc Sablaya. Đến năm 2000, phạm vi loài tiếp tục giảm chỉ còn tại 2 khu vực: công viên quốc gia núi Iglit-Baco và Aruyan.[9]

Theo ước tính ban đầu, quần thể loài Bubalus mindorensis trên đảo Mindoro khoảng 10.000 cá thể vào đầu những năm 1900. Năm 1949, tức chưa đầy 50 năm sau, quần thể đã giảm đáng kể, chỉ còn khoảng 1000 cá thể. Đến năm 1953, ước tính chưa đến 250 cá thể còn sống.[10] Số lượng trâu ước lượng tiếp tục tăng nhẹ cho đến khi IUCN xuất bản dữ liệu sách đỏ năm 1969, nơi mà quần thể trâu rừng Philippines được ghi nhận đáng báo động rằng thấp hơn 100 con.[11] Đếm theo sĩ số tăng lên 120 con trâu vào năm 1975.[12] Theo ước tính hiện nay số lượng trâu rừng Philippines hoang dã từ 30 đến 200 cá thể.[4]